تعد فيروسات أنفلونزا الخيول شديدة العدوى بين الخيول، ويُعتقد أنها تنتشر بشكل رئيسي من خلال الرذاذ الذي يخرج عندما يسعل الحيوان أو يعطس. يمكن للفيروس بعد ذلك أن يدخل العين أو الأنف أو الفم أو أن يستنشق بواسطة خيول أخرى قريبة. إن فيروسات أنفلونزا الخيول ليست في الوقت الحالي متكيفة بشكل جيد مع إصابة الأشخاص.
يمكن للخيول التخلص من EIV حتى قبل أن تظهر عليها علامات المرض. يمكن لفيروسات أنفلونزا الخيول أيضًا أن تنتشر بشكل غير مباشر من خلال الأشياء التي تحتوي على الفيروس، مثل الملابس والمعدات والفرش. إذا تم استنشاق الفيروس من جسم ما أو امتصاصه أو ابتلاعه بواسطة حصان معرض للإصابة، فيمكن أن ينتشر الفيروس. يمكن أيضًا العثور على EIV على الأسطح التي يتم فيها إيواء أو نقل الحيوانات المصابة.
من المهم ممارسة إجراءات جيدة لمكافحة العدوى والنظافة في القطعان، بما في ذلك تنظيف اليدين والملابس، بالإضافة إلى الحد من الوصول إلى الأشخاص الذين لم يتعرضوا للمرض أثناء تفشي المرض. ستبدأ الخيول عمومًا في إظهار علامات الإصابة بأنفلونزا الخيول خلال يوم إلى ثلاثة أيام. بمجرد دخوله إلى منطقة بها مجموعة من الحيوانات المعرضة للإصابة، يمكن أن ينتشر بسرعة ويمكن أن يسبب تفشيًا كبيرًا بين الخيول. يعد الازدحام والنقل من العوامل التي تزيد من احتمالية انتشار المرض بين الحيوانات.