يعتمد تشخيص داء السالمونيلا على العلامات السريرية وقلة العدلات الشديدة وعزل السالمونيلا من البراز أو الدم أو الأنسجة.
كان تقديم 10-30 جم من البراز للزراعة أكثر نجاحًا في تحديد السالمونيلا من زراعة مسحات البراز. من المهم جمع وتقديم البراز بناءً على توصيات المختبر الذي يقوم بالثقافة. من المستحسن العمل مع مختبر تشخيصي يستخدم تقنيات التخصيب جنبًا إلى جنب مع أجار تم اختياره خصيصًا لتحسين تعافي المكورات المعوية . نظرًا لأنه لا يمكن زراعة السالمونيلا بشكل مستمر من البراز، فيجب جمع عينات يومية متعددة (عمومًا 3-5) من كل حصان. زراعة الخزعات المخاطية للمستقيم يزيد من احتمال عزل الكائن الحي. ومع ذلك، فإن هذه التقنية لا تخلو من المخاطر على الحصان.
يجب وضع عينات البراز التي يجب إرسالها بالبريد في وسائط النقل المناسبة لمسببات الأمراض المعوية في وقت جمعها وشحنها على الجليد. يتوفر اختبار PCR، وقد يكون، اعتمادًا على البادئات المستخدمة، أكثر حساسية من الاستنبات البكتيري الروتيني للكشف عن السالمونيلا؛ 1 ومع ذلك، قد يكون هناك اختلاف بين البلدان وإعدادات المستشفى. يمكن لفحص الثقافة أو تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) للعينات البيئية تحديد ما إذا كان تنظيف المنشأة وتطهيرها كافياً.
يعد فحص PCR مفيدًا في حالات انخفاض معدل انتشار المرض، ولكنه قد يكون حساسًا للغاية في المناطق التي ينتشر فيها المرض بشكل كبير، حيث تكون نسبة أعلى من الخيول إيجابية حتى في حالة عدم وجود مرض سريري. ترتبط نتيجتان إيجابيتان لـ PCR بشكل جيد مع مزارع البراز الإيجابية للسالمونيلا . نظرًا لأن اختبار السالمونيلا PCR لا يوفر نتائج حساسية لمضادات الميكروبات أو يسمح بالتنميط المصلي أو تحديد أنواع المعزولات، وهو أمر مهم لأغراض المراقبة، فلا يزال يوصى بإجراء مزارع البراز.